A pesar de su tamaño, esta pequeña construcción está considerada como el modelo de perfección de la arquitectura del Cinquecento. Financiado por los Reyes Católicos, el pequeño templo se levanta sobre el lugar donde San Pedro sufrió martirio. Su arquitectura se basa en la utilización del circulo como la forma geométrica perfecta. En el proyecto original el edificio se colocaba en el centro de un claustro también circular con exedras en sus lados. Se trata de un edificio regido por la armonía y el equilibrio donde se fusionan las tradiciones cristiana y pagana.
La intervención de Bramante en la iglesia gótica de Santa Maria delle Grazie está considerada como su primera gran obra maestra. Los Sforza, la familia que gobernaba en Milán, habían elegido esta iglesia custodiada por los dominicos como el lugar donde establecer su panteón familiar. Será está función funeraria la que determine el fuerte acento centralizado del espacio dominado por la inmensa cúpula. El resultado es un edificio en el que el arquitecto funde el estilo del primer quattrocento florentino con la tradición antigua creando algo radicalmente nuevo. Cuenta una leyenda que le forma del panettone milanés se debe a esta cúpula, cuando Leonardo intentó recrearla creando una verdadera cúpula dulce.
Junto con las obras de la Basílica de San Pedro, el patio del belvedere fue el gran encargo que recibió el arquitecto por parte de papa Julio II. El aspecto que muestra hoy día dista mucho de su estado original: un único espacio cerrado con diferentes terrazas conectadas por escaleras, fuentes y ninfeos. El proyecto bramantesco estaba plagado de referencias clásicas desde los grandes edificios para juegos como los circos, pasando por los grandes nichos de la Villa Adiana en Tívoli o el carácter masivo de las grandes obras imperiales, que desatiende los detalles en favor de la sensación de conjunto. Este enorme espacio dilatado se mostraba así como el escenario perfecto para la propaganda papal a través de la celebración de fiestas y torneos.